公司运营过程中，由公司回购股权的情况具有很大的特殊性和复杂性，属于特殊情况的股权转让，股权回购的过程中容易出现的问题也很多，特别容易造成“股权抽回”的事实，因此，有必要对公司股权回购中的风险作详细分析。

　　基于协议的公司股权回购中的风险。值得注意的问题是，在实践中，有限责任公司股东内部或公司与股东往往约定在特定条件下由公司收回股权的问题，实际上是股权的内部转让问题。因为禁止股东抽回出资，而有些投资人的出资投机性较强，其他股东也只是出于资金上的不足，才与其合作，而有限责任公司股东之间特别需要信任的支持。

　　基于公司股权回购中的风险。值得注意的是，这里仅指公司回购异议股东的股权，而且这种回购是异议股东行使回购请求权的结果，是对中小股东权益的特殊保护，在符合法定条件下，公司必须收购有关股东的股权。